Powszechnie uważa się, że wyróżniamy dwa podgatunku żubra: żubr nizinny (Bison bonasus bonasu) oraz żubr kaukaski (Bison bonasus caucasicus).
Dawniej żubry nizinne występowały w zachodniej i wschodniej Europie, a żubry kaukaskie tylko w północnych górach i przedgórzu Kaukazu. Postępująca wraz z rozwojem cywilizacji wycinka pierwotnych lasów, rozwój rolnictwa oraz powszechne polowania spowodowały, że na początku XIX w. spośród tysięcy osobników pozostała zaledwie garstka. W środowisku naturalnym żubry występowały jedynie w Puszczy Białowieskiej, na Białorusi oraz w górach Kaukazu.
I wojnę światową przetrwało zaledwie 9 osobników, a w 1919 r. znaleziono ostatni ślad żubra nizinnego w środowisku naturalnym, w postaci ciała zabitego zwierzęcia. Jedyne osobniki, które przeżyły znajdowały się w zwierzyńcach i ogrodach zoologicznych. Żubry kaukaskie niestety nie dotrwały do naszych czasów. Ostatni żubr kaukaski w środowisku naturalnym zginął na Kaukazie w 1927 r.
Już w 1923 r. podjęto próbę odtworzenia gatunku z okazów zachowanych w zwierzyńcach i ogrodach zoologicznych. Podczas Międzynarodowego Kongresu Ochrony Przyrody, przedstawiciele Polski zaapelowali o ratowanie żubrów. Przekonali do tego przyrodników z innych państw i w tym samym roku powstało Międzynarodowe Towarzystwo Ochrony Żubra. Jego pierwszym zadaniem była inwentaryzacja wszystkich przedstawicieli gatunku oraz utworzenie dla nich Księgi Rodowodowej. Zapoczątkowano hodowlę żubrów, jednakże nastał kolejny trudny czas – II Wojna Światowa. Mimo ciężkich walk, starano się ochronić żubra. Po II Wojnie Światowej, Polska została centrum hodowli żubrów. Ich miejscem bytowania stała się Puszcza Białowieska.
Współcześnie żubrowi zagraża przede wszystkim:
- Niska zmienność genetyczna. Jest ona efektem tzw. „wąskiego gardła” – ze względu na wytępienie populacji dziko żyjącej, odtworzono gatunek z niewielkiej liczby osobników trzymanych w ogrodach zoologicznych oraz zwierzyńcach. Cała współczesna populacja wywodzi się tylko z 12 osobników (linia nizinna – 7 osobników, linia białowiesko-kaukaska – 12 osobników). Z tego względu niemożliwe jest uniknięcie kojarzeń osobników blisko ze sobą spokrewnionych. Skutkiem tego jest hodowla w pokrewieństwie (inbred), co w populacji żubra przejawia się m.in. spadkiem plenności samic, wzrostem śmiertelności cieląt i obniżeniem odporności na wiele chorób.
- Rozproszenia, izolacja przestrzenna i niska liczebność populacji wolno-żyjących.
- Mała dostępność naturalnych siedlisk dla nowych stad. Dla utrzymania nawet niedużego stada żubrów potrzebne są tysiące hektarów różnorodnych siedlisk – zarówno leśnych, jak i nieleśnych.
- Choroby. Jeśli chodzi o populację żubrów to spotykanych jest kilka chorób np. choroba niebieskiego języka, pryszczyca czy choroby układu oddechowego.
- Presja na odstrzały reedukacyjne.
W Polsce żubr znajduje się pod ścisłą ochroną. Ponadto podlega międzynarodowym konwencjom: Konwencji Berneńskiej oraz Dyrektywie Siedliskowej.