Żółwie zielone, podobnie jak i inne gatunki żółwi morskich są zagrożone przez działalność człowieka na każdym etapie swojego życia – od jaj po postać dorosłą.
Wyjątkowo szkodliwe dla gatunku wydaje się być celowe zabieranie jaj oraz dorosłych osobników z plaż lęgowych, a także bezpośrednio z ich żerowisk. Niestety pomimo spadku liczebności żółwi zielonych, w kilku krajach praktyki takie pozostają legalne.
Ponadto na całym świecie zwierzęta te zagrożone są również ze względu przypadkowe zaplątanie się w sieci rybackie, degradację siedlisk (na plażach lęgowych i obszarach żerowania) oraz choroby. Rozbudowa infrastruktury w pobliżu plaż, przekształcanie ich na potrzeby człowieka, wydobywanie piasku – te i inne czynniki wpływają bezpośrednio na utratę siedlisk żółwi zielonych lub pośrednio, poprzez zmianę profili termicznych i narastającą erozję. W efekcie znacząco zmniejsza się dostępność plaż lęgowych. Obecność świateł na plażach wpływa na zwiększenie się śmiertelności wśród wyklutych żółwi, ponieważ świtała przyciągają je w odwrotną stronę niż jest woda, do której powinny się udać.
Degradacja siedlisk w środowisku morskich wynika głównie ze zwiększonej ilością ścieków oraz innych zanieczyszczeń spowodowanych rozwojem wybrzeża, a także budową przystani, zwiększonym ruchem statków i pozyskiwaniem przybrzeżnych alg morskich.
Żółwie zielone są objęte ochroną prawną na mocy wielu traktatów oraz ustaw. Znajduje się na Czerwonej Liście IUCN i jest wymieniony w I załączniku CITES.