Na lądzie odpoczywają, pierzą się i odbywają lęgi. Kolonie rozrodcze zakładają głównie na oceanicznych wyspach. Na gniazda wybierają różnorodne miejsca: wyspy płaskie i porośnięte roślinnością oraz skaliste obszary prawie pozbawione roślin. Można je znaleźć w dużych koloniach wzdłuż południowo-zachodniego skalistego wybrzeża Afryki, od Namibii po Port Elizabeth, oraz na wielu okolicznych wyspach. Największa kolonia znajduje się na Dyer Island. Ptaki budują gniazda z własnych odchodów, zwanych guano, pod krzewami lub skałami. To schronienie zapewnia im ochronę przed ostrym słońcem podczas gorących afrykańskich dni. Pingwiny tońce przystępują do rozrodu przez cały rok ze szczytem od marca do maja (w RPA) lub od listopada do grudnia (w Namibii).

Stały ląd nie jest najlepszym środowiskiem dla pingwinów tońców, których jaja, składane na ziemi, narażone są na wiele niebezpieczeństw, w tym na polowania drapieżników. Jednym z miejsc, gdzie udało im się osiedlić, są plaże w pobliżu Kapsztadu. Żyjące tam pingwiny nie zwracają uwagi na plażowiczów i spokojnie poruszają się między ludźmi.

Pingwiny tońce są monogamiczne. Łączą się w pary na całe życie. W parach panuje podział obowiązków – samiec i samica wspólnie wysiadują jajo lub jaja i wspólnie odchowują młode.

Osiągają dojrzałość płciową około czwartego roku życia. W tym czasie, samiec będzie zabiegał o samicę, wydając charakterystyczne odgłosy, które przypominają ryk osła. Gdy samiec zostanie zaakceptowany przez samicę, para połączy się na resztę sezonu, często para pozostaje razem także na przyszłe sezony godowe. Samica kopie norę pod krzewem lub skałą, gdzie składa dwa jaja. Oboje rodzice na zmianę inkubują jaja do 40 dni. Samiec i samica zmieniają się w gnieździe co 1-2 dni. Gdy pisklęta się wyklują, rodzice są współodpowiedzialni za utrzymanie ich w cieple i stałe karmienie przez pierwsze 30 dni. Po tym, jak minie miesiąc ich życia, pisklęta są zostawiane na krótki okres czasu z innymi pisklętami, podczas gdy ich rodzice polują. Pisklęta gromadzą się wtedy w dużych grupach, aby utrzymać ciepło i chronić się wzajemnie przed drapieżnikami. Młode osobniki opuszczają kolonię, gdy mają około czterech miesięcy i posiadają już odpowiednie upierzenie, ale później zawsze wracają do kolonii macierzystej.

Pingwiny tońce komunikują się ze sobą poprzez wokalizację i mowę ciała. Każdy osobnik ma swoją własną, niepowtarzalną wokalizację, która odróżnia go od innych. Używają trzech różnych rodzajów wezwań: dźwięku używanego do wabienia samicy, wrzasku do obrony terytorium i dźwięku stosowanego do lokalizowania się nawzajem, gdy jeden osobnik jest na lądzie, a drugi w morzu. Kiedy pingwin jest agresywny, komunikuje się poprzez mowę ciała. Wypycha klatkę piersiową, trzyma skrzydła do tyłu, dziób do przodu i odchyla głowę na boki. Dźwięki, jakie wydaje pingwin przylądkowy, przypominają ryk osła, stąd też jedna z jego nazw w języku angielskim to „jackass penguin”, czyli „ośli pingwin”.

Zespół naukowców z Włoch znalazł dowody na podobieństwo mowy pingwinów afrykańskich do mowy ludzkiej. Badania wykazały, że sekwencje wokalne pingwinów zawierały trzy odrębne sylaby o różnej długości, a najczęściej używano „słów” o najkrótszej długości, najdłuższe sekwencje składały się z połączenia krótszych sylab. Może to oznaczać, że u nielotów występują dwie wspólne cechy ludzkiej mowy. Po pierwsze, najczęściej używane słowa są krótsze, a po drugie – im dłuższe zdanie (w przypadku pingwinów bardziej “wezwanie”), tym krótsze są zawarte w nim dźwięki. W artykule podsumowującym badania, który ukazał się w czasopiśmie „Biology Letters”, stwierdzono, że te dwa prawa językowe są wspólne dla większości języków ludzkich. Pingwiny używają dostępnych dla nich sylab, żeby porozumiewać się w jak najbardziej ekonomiczny sposób, dzięki używaniu krótszych sylab dla najczęstszych wezwań.

Pingwiny przylądkowe są zagrożone wyginięciem z powodu zmian klimatycznych, zanieczyszczeń i nadmiernego rybołówstwa.

Gatunek jest objęty konwencją waszyngtońską (CITES II). Jego liczebność wynosi około 40 tysięcy dorosłych osobników. Liczebność ta ciągle maleje. Dużym zagrożeniem jest zanieczyszczenie wód przybrzeżnych Afryki, szczególnie katastrofy spowodowane wyciekami ropy z tankowców. Wyciekająca ropa oblepia ptakom pióra i uniemożliwia utrzymanie właściwej temperatury ciała, w wyniku czego giną z wychłodzenia. Problemem jest również przełowienie wód w miejscach występowania tego gatunku. W takiej sytuacji pingwiny wypływają coraz dalej od gniazd, aby znaleźć pożywienie, przez co coraz częściej nie wracają na czas, a jaja i pisklęta zostają porzucone.

Pingwinowi afrykańskiemu przypisuje się bardzo wysokie ryzyko wymarcia w stanie dzikim w niedalekiej przyszłości. Ma on status EN w Czerwonej Księdze Gatunków Zagrożonych. Na początku XX wieku plaże od Namibii do Mozambiku pełne były pingwinów przylądkowych. W ciągu stu lat ich populacja zmniejszyła się o 98 procent. Jeżeli taka tendencja się utrzyma, to według naukowców wszystkie pingwiny z terenów afrykańskich znikną w przeciągu najbliższych kilkunastu lat.

Jesienią 2014 roku przyjechało do wrocławskiego ogrodu zoologicznego 55 pingwinów. Szybko się zaaklimatyzowały. Te, które przybyły bez par, zaczęły ich szukać. Kolonia pingwinów przylądkowych jest jedną z największych w Europie. W Afrykarium na terenie ZOO zostały dla nich stworzone bardzo dobre warunki.

Wrocławskie zoo i jego fundacja Dodo wspierają organizację SANCCOB, która efektywnie ratuje zagrożone wyginięciem pingwiny przylądkowe. Część przychodów z biletów do zoo z dobrowolną dopłatą 1 zł oraz darowizn dla Dodo, jest kierowana do RPA. Środki z Wrocławia pomagają w odchowaniu pingwinów, które wracają do środowiska naturalnego.

Południowo-afrykańska organizacja SANCCOB (Southern African Foundation for the Conservation of Coastal Birds) próbuje ratować pingwiny przylądkowe. Szacuje się, że SANCCOB przyczynił się do co najmniej 20% wzrostu ich populacji. Podstawą działalności tej organizacji jest wolontariat, do którego mogą zgłaszać się tylko opiekunowie zwierząt
z ogrodów zoologicznych oraz pracownicy jednostek naukowych związanych z biologią. Każdego roku SANCCOB ratuje setki odrzuconych, zbyt późno wyklutych lub osieroconych piskląt tońców. Zajmuje się również sztuczną inkubacją znalezionych, porzuconych jaj.

W listopadzie 2017 roku, wrocławskie zoo wysłało Pawła Boreckiego – opiekuna pingwinów i kotików do RPA. Jego zadaniem było wsparcie fundacji SANCCOB, ratującej ptaki morskie, w opiece nad porzuconymi pisklętami pingwinów przylądkowych. Dodatkowa para rąk jest często najcenniejszym wsparciem, gdyż bez pomocy człowieka, ptaki te nie miałyby najmniejszych szans na przeżycie.