Manat wrzecionowatym kształtem ciała przypomina delfina lub małego walenia, choć nie ma on nic wspólnego z obydwoma tymi gatunkami. Manatom zdecydowanie bliżej do słoni i góralek. Wszystkie te gatunki miały wspólnego przodka, który pojawił się na naszej planecie około 49 mln lat temu i było to zwierzę lądowe. Manat karaibski osiąga długość około 3 metrów, choć znane są osobniki osiągające nawet 4,5 metra. Średnio waży 200 – 600 kg, choć największe mogą ważyć nawet 1500 kg. Samice są bardziej masywne, cięższe i dłuższe od samców.
Przy wodnym trybie życia, ciało manata musiało przystosować się do otaczającego go środowiska. Kończyny przednie przekształciły się w płetwy, które pełnią głównie rolę sterów, choć pod skórą płetw znajdują się pięciopalczaste dłonie, kość ramienna, łokciowa i promieniowa. Na płetwach możemy zaobserwować u niektórych manatów 3 lub 4 paznokcie. Płetwy te służą również do penetracji dna zbiornika w którym pływają, do wykopywania korzeni roślin z dna rzeki, do przytrzymywania pokarmu w trakcie posiłków jak i do gestów powitalnych (oklepywanie na tzw. „misia” u panów ). U tych ssaków brakuje kończyn tylnych, natomiast tylny odcinek ciała zakończony jest ogonem, który jest napędem całego ciała.
Przy takiej dużej masie ciała, jaką osiąga manat karaibski, mocny kościec oraz przedłużone na całym odcinku kręgosłupa płuca, zwiększają kontrolę nad utrzymaniem pozycji poziomej w wodzie i usprawniają pływalność tych ssaków. Manat karaibski posiada szeroką, masywną głowę pozbawioną małżowin usznych, a wokół płaskiego pyska rozsiane są włosy czuciowe, zwane wibrysami, które przekazują do mózgu nawet najdelikatniejsze impulsy dotykowe. Psy i koty mają na pyskach po około 50 wibrys, manat ma ich nawet 600.
Pysk manatów jest tak wrażliwy jak język u człowieka. Manaty mają znacznie zredukowane uzębienie, nie posiadają siekaczy, zostały one zastąpione zrogowaciałymi płytkami dziąsłowymi. Natomiast zęby trzonowe wymieniają się przez całe życie. Unikatowa, elastyczna i rozdwojona górna warga tych zwierząt służy do pobierania pokarmu . Ciało barwy szaro – stalowej pokryte jest rzadkimi włosami, a wierzchnia warstwa skóry stale się złuszcza, prawdopodobnie po to, by zmniejszyć gromadzenie się glonów na skórze. Pod warstwą skóry brak izolacyjnej warstwy tkanki tłuszczowej, która chroni przed wyziębieniem, dlatego spadek temperatury wody poniżej 20oC może być zagrożeniem dla ich życia. Manaty często zimą osiedlają się w głębi lądu, w miejscach gdzie spuszczane są ciepłe wody z elektrowni lub przy ujściach ciepłych źródeł.