Krokodyl nilowy jest drugim pod względem wielkości, zaraz po krokodylu różańcowym przedstawicielem rodziny krokodylowatych. Może osiągać długość 5,5 – 6,5 metra, masę blisko 1 tony. Grzbiet gada jest barwy zielono-brązowej, z ciemnymi plamkami, brzuch jasny, żółtawy. Posiada masywną czaszkę na której znajdują się dwa doły skroniowe.

Krokodyle nilowe widzą dobrze zarówno w dzień jak i w nocy. Przystosowaniem do nocnej aktywności jest rozwinięta warstwa odblaskowa, podobnie jak u innych drapieżników. Tęczówka, dzięki obecności kryształków gwaniny świeci na żółto. Odblaskowa warstwa powoduje, że wpadające światło do oka zostaje odbite i dzięki temu oko krokodyla nilowego świeci w ciemności.

Krokodyle mają szparowate źrenice i podobnie jak ptaki posiadają trzecią powiekę, zwaną błoną migawkową, która pełni funkcję ochronną przy pełnym zanurzeniu krokodyla. W okolicach oczu znajdują się kanaliki łzowe, odpowiedzialne za produkcję specjalnego płynu który oczyszcza, nawilża i chroni oczy ( krokodyle łzy ).

Skóra krokodyla pokryta jest kanciastymi łuskami leżącymi na mocnych guzowatych tarczach rogowych, które zabezpieczają ją przed nadmierną utratą wody. Skóra krokodyla nie bierze udziału w oddychaniu. Tarcze rogowe biegną wzdłuż całego ciała i układają się w kilka regularne rzędy, z których co najmniej dwa środkowe biegną do nasady ogona, a potem stopniowo przechodzą w pojedynczy szereg. Taka budowa sprawia, że krokodyl nilowy wygląda jakby był opancerzony.

Mięśnie grzbietu przyczepione są do spodu pancerza. Umięśniony, spłaszczony bocznie ogon służy nie tylko jako broń, ale jest sterem dla ciała gada oraz aparatem napędowym w wodzie, zwiększając prędkość krokodyla. Gad ten może wybić ciało za pomocą ogona ponad taflę wody nawet na 2 metry i zaatakować wiszącego na drzewie nietoperza.

Na skórze krokodyla znajdują się gruczoły wonne, których wydzielina ma działanie wabiące podczas godów i receptory czuciowe, rozrzucone po całym ciele, dzięki którym zwierzę rejestruje zmiany ciśnienia wody i podobno może za ich pomocą zlokalizować swoją potencjalną ofiarę. Ciało krokodyla nilowego jest wsparte na krótkich, czterech kończynach, z czego przednie, pięciopalczaste, są zdecydowanie mniej sprawne od tylnych, gdyż nie posiadają błony pławnej. Tylne kończyny są zaopatrzone w cztery palce i posiadają błonę pławną.

Krokodyle nilowe mają zwyczaj leżeć na lądzie z szeroko otwartymi paszczami. W tym czasie zlatują się ptaki czyściciele i wybierają resztki gnijącego pokarmu obecne między zębami.

Najlepiej czuje się w temperaturze około 50°C, gdy jest za gorąco ukrywa się w cieniu lub wchodzi do wody. Krokodyl nilowy nie lubi opuszczać swoich siedlisk ale jeżeli jest taka potrzeba np. wyschnie jego staw i trzeba znaleźć nowe miejsce zamieszkania, to po lądzie może przemieszczać się poprzez ślizganie na brzuchu, galopując lub biegnąc z wysoko zawieszonym brzuchem.

Możliwość dość sprawnego poruszania się po lądzie krokodyl nilowy zawdzięcza mięśniom grzbietowym kręgosłupa przyczepionym do spodu pancerza. Gdy mięśnie się kurczą, napięty mięsień się wybrzusza i dociska do kręgosłupa. Mięśnie biegną w czymś podobnym do tunelu utworzonego przez pancerz i kręgosłup, jakby wzdłuż ciała biegł gumowy wąż. Krokodyle jako jedyne są wyposażone w mechanizm podnoszący, który wykorzystuje ciśnienie hydrauliczne.

Krokodyl nilowy prowadzi wodno – lądowy tryb życia. Codziennie rano, o wschodzie słońca, układa ciało na słońcu celem naładowania “baterii słonecznych”, występujących na grzbiecie gada. Rozgrzane ciało lepiej trawi zdobyty potem pokarm. Na lądzie gad ten jest ociężały i powolny, chociaż w pogoni za zdobyczą może, zarówno na lądzie jak i w wodzie, osiągać prędkość do 30 km/h, a siła nacisku szczęk przy uderzeniu to niemal 1,5 tony/cm.

Polując krokodyl rzadko zanurza się w głąb wody, raczej woli oczekiwać na swoją zdobycz przy brzegu. Dzięki ułożeniu oczu ponad powierzchnią wody potrafi namierzyć ofiarę w odległości 50 -100 m. Atakując ofiarę, musi ją najpierw utopić, wykonując ruchy obrotowe do czasu całkowitego obezwładnienia zdobyczy. Energicznymi ruchami głowy rozszarpuje zębami ciało na mniejsze kawałki, możliwe do połknięcia. Mimo ogromnej masy żołądek krokodyla jest wielkości głowy dziecka. Zęby służą do przytrzymywania ofiary, nie są jednak na tyle ostre by ja pokawałkować. Krokodyl posiada około 60 zębów i przez całe swoje życie ma zdolność ich wymiany. Krokodyle nie przeżuwają pokarmu, wrzucają go do żołądka, który składa się z dwóch części, przedniej mięśniowej i tylnej gruczołowej. W pierwszej z nich odbywa się mechaniczne rozdrabnianie, rozcieranie pokarmu przy pomocy wcześniej połkniętych kamieni. W drugiej części następuje trawienie przy pomocy kwasu żołądkowego i enzymów trawiennych. Krokodyl nilowy potrafi pościć nawet rok korzystając ze zgromadzonych zapasów tłuszczu w swoim organizmie.

Pysk krokodyla jest oddzielony od krtani fałdem skórnym, który uniemożliwia nalanie się wody do gardła. Dzięki temu może on pozostać w wodzie z otwartą paszczą. Podczas pływania gad oddycha nozdrzami zewnętrznymi, ale kiedy schodzi do całkowitego zanurzenia fałdy zamykają nozdrza zewnętrzne i dzięki temu krokodyl może wytrzymać pod wodą nawet 20 minut bez wynurzania się. Zwierzęta te posiadają dwa workowate płuca, które strukturą przypominają gąbki. Mechanizm oddychania polega na rozszerzaniu klatki piersiowej i zasysaniu powietrza.

Serce krokodyla ma dość nietypową budowę jak na gada. Składa się z dwóch przedsionków i dwóch komór. Dzięki takiej budowie krew dotleniona jest oddzielona od krwi odtlenionej. U podstawy istnieje jednak otwór łączący oba łuki aorty zwany otworem Panizza. Kiedy krokodyl zanurza się zmienia się krążenie w jego organizmie , krew krąży z pominięciem płuc. W normalnych warunkach serce krokodyla wykonuje od 22 – 47 uderzeń na minutę, w wodzie potrafi zwolnić pracę od 2 – 3 uderzeń na minutę. W takim stanie gad może trwać nawet parę godzin.

Krokodyle nilowe nie tworzą stałych związków, samce przebywają oddzielnie od samic a spotykają się ze sobą, kiedy zaczyna się okres godowy, w czasie pory suchej. Samce w tym czasie rozpoczynają wydawanie charakterystycznych dźwięków o niskiej częstotliwości, które skutecznie przywabiają samice. Po akcie godowym samica składa najczęściej ok. 50 – 70 jaj na lądzie, które następnie przysypuje piaskiem. Inkubacja trwa ok. 60-90 dni. Płeć krokodyli jest zależna od temperatury inkubacji jaj, samice powstają w zarówno niskich, jak i w wysokich temperaturach, samce zaś w pośrednich. Po wykluciu samica matka przeprowadza lub z dużą delikatnością przenosi młode w pysku do wody. Samica krokodyla nilowego opiekuje się potomstwem, co jest rzadkim zjawiskiem w świecie gadów. Po kilku miesiącach maluchy usamodzielniają się, a osiągniecie dojrzałości płciowej skorelowane jest bardziej z długością ciała niż z wiekiem. Pierwszy rok życia jest dla krokodyli bardzo ciężki, przeżywa 1/10. Zaraz po wykluciu ze strony lądu atakują je warany, ze strony powietrza polują na nie kanie i orły, gdy znajdą się w wodzie, są atakowane przez barramundry. Jeżeli przeżyją te ataki, mogą zostać zjedzone przez dorosłe krokodyle. Po upływie roku młode osiągają długość około 60 cm, po 2 latach – 90 cm, po pięciu – 1,7 m, po 10 latach – 2,5 m, po 20 latach – 4 m.