Sposób w jaki zachowuje się gibon czapnik jest zbliżony do innych gibonów. Prowadzi dzienny i nadrzewny tryb życia. Tworzy monogamiczne pary. Porusza się między drzewami za pomocą brachiacji tj. na przemiennie przy użyciu przednich kończyn, tylne swobodnie zwisają. Zwyczaje z rozmnażaniem nie są bardzo dobrze poznane, ale przypuszcza się, że są zbliżone do innych gibonów.

Najbardziej charakterystycznym u gibonów jest ich śpiew. Pary zaznaczają swoje terytorium głośną wokalizacją. Z obserwacji wynika, że to samica zachęca krótkimi pohukiwaniem samca do śpiewu po czym obydwie płcie można usłyszeć w promieniu kilku kilometrów. Ciąża trwa mniej więcej siedem miesięcy, a młode osiągają dojrzałość płciową w wieku 5 do 8 lat. Małpy te żyją do 40 lat. Zwykle przebywają w górnym piętrze korony drzew i tylko wyjątkowo schodzą na ziemię.

Gatunek ten jest zagrożony z powodu polowań, poważną fragmentację i degradację siedlisk. W Tajlandii wszystkie populacje znajdują się obecnie na obszarach chronionych, a era wyrębu i upraw rolniczych w większości dobiegła końca. Niemniej jednak we wschodnim parku Khao Yai i innych głównych obszarach chronionych doszło do poważnych zmian w populacji, a polowania są nadal niekontrolowane.

W Kambodży niszczenie siedlisk jest bardziej bezpośrednim zagrożeniem niż kłusownictwo, zwłaszcza na odległych obszarach. Większość populacji nie jest jeszcze zabezpieczona na obszarach chronionych, a główne zagrożenia to utrata siedlisk w wyniku wyrębu, nasilenia rolnictwa, rozwoju hydroelektrowni i nowych osiedli ludzkich.