Gibon białopoliczkowy są krytycznie zagrożone wyginięciem. W ciągu ostatnich 45 lat ich liczba spadła o 80% lub więcej, głównie z powodu utraty siedlisk i kłusownictwa, a trzeba podkreślić, że gatunek ten występuje na niewielkim obszarze obejmującym północną część Półwyspu Indochińskiego.
Jednym z najpoważniejszych zagrożeń dla przetrwania gibonów jest niezrównoważona praktyka pozyskiwania drewna w Indonezji i Azji Południowo-Wschodniej. Zniszczenie siedlisk i następująca po nich degradacja, wynikająca z komercyjnego pozyskiwania drewna lub przekształcania terenów na potrzeby agrokultury (zwłaszcza pod produkcję oleju palmowego), stanowi bardzo poważne zagrożenie dla tych nadrzewnych małp. Co więcej, nielegalny handel zwierzętami kwitnie w Azji Południowo-Wschodniej, a małpy człekokształtne są tam bardzo popularnymi zwierzętami domowymi.
W Laosie występuje największa populacja gibonów białopoliczkowych, ze względu na stosunkowo duże obszary leśne. Niestety tutaj również zwierzęta te zagrożone są ze strony człowieka. Znaczący wpływ na populację mają polowania na gibony w celu pozyskania żywych osobników, części ich ciała (np. kości używanych w medycynie ludowej) lub ze względu na konsumpcję mięsa małp. W niektórych częściach Laosu gibon białopoliczkowy był chroniony ze względu na lokalne wierzenia, jednak tradycję zanikały, co doprowadziło do wzrostu polowań. Jest mało prawdopodobne, aby nawet na obszarach chronionych jakakolwiek populacja gibonów była „bezpieczna” i nie narażona na polowania ze strony człowieka.
W Wietnamie na spadek liczebności populacji gibona białopoliczkowego, główny wpływ mają polowania oraz utrata siedlisk. Prawdopodobnie obecnie gatunek ten przetrwał tylko na obszarach chronionych. Populacje gibona białopoliczkowego są jednak od siebie odizolowane ze względu na fragmentację siedlisk.
Association of Zoos and Aquarium 'Ape Taxon Advisory Group (AZA Ape TAG) wspiera inicjatywy ochronne, takie jak patrole przeciwdziałające kłusownictwu i egzekwowanie prawa, dodatkowe badania i wsparcie ze strony ogrodów zoologicznych, ulepszone zarządzanie obszarami chronionymi i wsparcie dla rezerwatów oraz zwiększone zaangażowanie w ochronę małp. Uznając rosnące zagrożenie związane z olejem palmowym uprawianym w sposób niezrównoważony, na początku 2014 r. Stowarzyszenie Ogrodów Zoologicznych i Akwariów (Association of Zoos and Aquariums – AZA) zebrało wieloinstytucjonalną grupę zadaniową w celu zbadania kwestii związanych z produkcją oleju palmowego i opracowania stanowiska AZA. We wrześniu 2014 r. Zarząd AZA przyjął oficjalne stanowisko w sprawie oleju palmowego. Po przyjęciu tego stanowiska, AZA dołączyła następnie do Okrągłego Stołu ds. Zrównoważonego Oleju Palmowego (Roundtable on Sustainable Palm Oil – RSPO), aby reprezentować poglądy swoich instytucji członkowskich z kluczowymi interesariuszami w przemyśle oleju palmowego i popierać produkcję zrównoważoną środowiskowo.