Na kotiki afrykańskie polowano intensywnie od XVII, a ich populacja została znacząco zredukowana. Komercyjne pozyskiwanie tych zwierząt zakończyło się w 1990 r. w RPA i jest obecnie zabronione.
Dzięki podjętym działaniom ochroniarskim populację udało się w dużym stopniu odbudować. Całkowitą liczebność kotików afrykańskich szacuje się co kilka lat na podstawie liczby młodych przebywających na lądzie, określaną pod koniec trwania sezonu lęgowego. Liczebność populacji jest stosunkowo stabilna od 1993 roku. Jednak w Namibii w dalszym ciągu poluje się na kotiki komercyjnie, aby pozyska m.in. mięso, tłuszcz, skóry, a także trofea. Rocznie zabija się tam około 85 000 kotików, z czego znaczna większość to szczenięta.
Kotikom zagraża również przełowienie siedlisk. Wiele gatunków ryb pozyskiwanych przez człowieka w celach handlowych, stanowi naturalny pokarm tych zwierząt.
Kotiki afrykańskie zaplątują się w sieci rybackie oraz różne odpady pozostawione przez człowieka w morzach. Niestety giną również masowo od chorób przenoszonych przez zwierzęta domowe np. psy i koty.
Zmiany klimatu stanowią kolejne zagrożenie dla kotika afrykańskiego. Wzdłuż wybrzeża Namibii zaobserwowano wzrost śmiertelności szczeniąt, które są wrażliwe na wysokie temperatury. Wiele młodych rodzi się na małych i nisko położonych wyspach i jest narażonych na wysoką śmiertelność podczas letnich burz. Ponadto podnoszący się poziom mórz również zagraża takim koloniom.
Naturalnym zagrożeniem dla kotika afrykańskiego są żarłacze białe i orki. Na lądzie młode padają ofiarą szakali oraz hien.
Kotiki afrykańskie znajdują się w załączniku II do Konwencji Waszyngtońskiej.