Kiedyś manul był powszechnym obiektem polowań w Mongolii i Chinach ze względu na jego futro, ale teraz polowanie na niego jest zabronione. Być może najlepszą rzeczą, jaką manul wnosi do społeczeństwa ludzkiego, są dobrze rozwinięte umiejętności łowieckie. Poluje i zabija szczekuszki i małe gryzonie, z których niektóre są szkodnikami rolniczymi, a inne są „uważane za wektory zarazy”.
Manul jest rzadkim zwierzęciem i ma niewielki lub nieznaczny negatywny wpływ na ludzi.
Stan ochrony manuli nie jest dostatecznie znany ze względu na brak informacji o jego zasięgu i liczebności. Kiedyś polowano na nie powszechnie, dostępność tego zwierzęcia stale malała aż do lat 80. XX wieku, kiedy to ostatecznie zakazano polowań na większości jego terenów.
Chociaż polowanie nie wydaje się już stanowić problemu dla manuli, w niektórych częściach Federacji Rosyjskiej małe gryzonie i szczekuszki, którymi żywi się manul, są wytruwane, ponieważ uważa się je za nosicieli chorób. W konsekwencji, zwierzęta drapieżne, takie jak manul, kumulują trutkę w organizmie wraz z każdym zjedzonym zatrutym gryzoniem. Szczekuszki i gryzonie są również wytruwane w niektórych częściach Chin, gdzie uważa się, że konkurują z żywym inwentarzem o wypas. Nie jest jasne, co stanowi większe zagrożenie dla manuli: narażenie na te trucizny czy zmniejszające się zasoby żywności.
Wymagania manuli dotyczące dużych obszarów, ich dieta i specjalizacja siedliskowa sprawiają, że są one bardzo wrażliwe na zmiany, fragmentację i degradację ich siedlisk. Największymi zagrożeniami dla manuli są:
- degradacja siedlisk, spowodowana nadmiernym wypasem zwierząt hodowlanych oraz konwersja ich siedlisk na grunty orne,
- fragmentacja siedlisk, spowodowana rozwojem górnictwa i infrastruktury, rozwojem hodowli zwierząt, rosnącą populacją ludzi i zwierząt gospodarskich,
- urbanizacja, rozwój rolnictwa i turystyka – postęp cywilizacyjny nie tylko powoduje niszczenie środowiska i siedlisk manuli, ale też zwiększa poziom stresu i ogranicza miejsca, w których te koty mogą odpocząć. Może to prowadzić do pogorszenia stanu zdrowia manuli oraz prób przeniesienia się na nowe siedliska,
- trucie gryzoni, które na terenach rolnych są uważane za szkodniki zjadające zboże. Chcąc się ich pozbyć rolnicy stosują trutki, w konsekwencji trując wszystkie zwierzęta, które się nimi żywią, nie tylko manule,
- choroby przenoszone przez koty domowe i inne zwierzęta – poprzez urbanizacje terenów dzikich i rozwój rolnictwa na terenach zamieszkiwanych przez manule, rośnie prawdopodobieństwo ich spotkań z kotami domowymi roznoszącymi choroby, z którymi manule nie miały wcześniej styczności, a są dla nich śmiertelne. Głównym zagrożeniem dla młodych manuli jest toksoplazmoza,
- bezpańskie psy. Wraz z rozwojem osiedli ludzkich poza pojawieniem się kotów domowych, można zauważyć częstsze występowanie psów bezdomnych i dzikich. Stanowią one bardzo duże zagrożenie dla manuli, które nie są zbyt szybkie i stanowią łatwy cel.
- polowania i kłusownictwo. Do tej pory w wielu regionach futro manuli jest uważane za bardzo cenny towar. Regiony takie jak Kazachstan czy Nepal, w których populacja tych kotów jest niewielka zdecydowały się na całkowity zakaz polowań. Niestety Mongolia, w której jest najwięcej przedstawicieli tego gatunku, cały czas zezwala na polowania.
- zmiany klimatu.