Ara szafirowa to endemit występujący wyłącznie w  Llanos de Mojos w północnej Boliwii. Jest nazywana  narodowym ptakiem tego państwa. Istnieją dwie subpopulacje: subpopulacja północna, która występuje na  zachód od Santa Ana, na wschód przez górne río Mamoré aż po wschodnie sawanny,  gdzie dziką populację odkryto w 1992 r. oraz subpopulacja południowa występująca głównie w prowincji Maraban w Beni, w pobliżu miasta Loreto. W 2007 roku całkowitą populację ary szafirowej  oszacowano na 250-300 osobników zajmujących obszar około 4000 km2, przy czym 70 osobników odkryto w miejscu schronienia w porze suchej (Waugh 2007). Szacuje się, że w latach 80. XX wieku z Boliwii wywieziono około 1200 lub więcej tych  ptaków z naturalnego środowiska, co sugeruje, że liczebność populacji była wcześniej znacznie wyższa (Yamashita i Barros 1997).

Ary szafirowe zasiedlają lasy galeriowe i  wyspowe grupy drzew otoczonych tropikalną sawanną. Sezonowe deszcze występujące  w regionie ich występowania  są przyczyną powodzi trwających od października do maja i przekształcają sawannę w trawiaste bagno otaczające trwale suche wyniesione wyspy leśne. Obecność palm Motacú (Attalea phalerata) jest niezbędna do przetrwania gatunku  Ara glaucogularis, ponieważ ptak ten preferuje żerowanie   i gniazdowanie właśnie na  tym gatunku  palmy.  Większość siedlisk ary szafirowej jest użytkowana przez człowieka do hodowli bydła. Jednakże ziemia na tych obszarach nie nadaje się do uprawy, więc nie dochodzi do przekształcenia  siedlisk na potrzeby rolnictwa. Chociaż bydło depcze sadzonki, dojrzałe palmy Motacu  są bardzo wytrzymałe i odporne na uszkodzenia mechaniczne a nawet na ogień.

Gatunek ten kwalifikuje się jako krytycznie zagrożony wyginięciem, gdyż, w ciągu ostatnich trzech pokoleń zanotowano gwałtowne zmniejszenie liczebności populacji , tak że pozostała przy życiu populacja liczy już tylko od 50-249 osobników. Jednak obecnie są pewne oznaki poprawy sytuacji.

W przeszłości ara szafirowa była poważnie zagrożona wyginięciem z powodu legalnego i nielegalnego krajowego i międzynarodowego handlu ptakami klatkowymi. Chociaż od 1984 r. sytuacja uległa radykalnej poprawie, w 2010 r. odkryto przypadek nielegalnego handlu dwoma świeżo wyklutymi pisklętami ary szafirowej. Młode ary zostały ostatecznie wypuszczone na wolność, jednak przypadek ten wskazuje, że kłusownictwo i nielegalny handel nadal ma miejsce. Wszystkie znane miejsca lęgowe ar szafirowych znajdują się na prywatnych ranczach bydła. W wyniku wypalania i wycinki drzew pod pastwiska oraz wycinki drzew na paliwo i słupki ogrodzeniowe, wykorzystywane do odgradzania pastwisk, zmniejszyła się dostępność naturalnych środowisk do gniazdowania tego gatunku. Działalność człowieka zahamowała także regenerację preferowanego pokarmu ary szafirowej: palmy zwanej popularnie motacu.

Konkurencja w miejscach lęgowym ze strony innych ar, tukanów, nietoperzy i dużych dzięciołów , niepokojenie ze strony ssaków oraz działalność człowieka mogą zmniejszać wydajność rozrodczą niektórych par ar szafirowych. W latach 2007–2012 monitorowano 30 gniazd ar szmaragdowych. Lęgi w 57% monitorowanych gniazd nie powiodły się, przy czym większość niepowodzeń wystąpiła podczas inkubacji. Przyczynami nieudanych lęgów były choroby, drapieżnictwo i porzucanie, pszczoły kolonizujące miejsca gniazdowania, ekstremalne zjawiska pogodowe i zaniedbania ze strony pary rodzicielskiej. Pisklęta ary szmaragdowej są narażone na drapieżnictwo ze strony: jaguarów, drapieżnych ptaków i tukanów. Na niektórych obszarach na zmniejszenie liczebności ary szafirowej mogą mieć wpływ polowania dla piór tych ptaków, stanowiących ozdoby do nakryć głowy rdzennych mieszkańców.

Istnieją obawy, że chów wsobny coraz bardziej rozdrobnionej populacji ary szafirowej prowadzi do zmniejszenia płodności tych ptaków. Sytuację tę pogarsza brak dopływu nowych osobników do populacji lęgowej; podczas pięcioletnich badań nie stwierdzono pojawienia się nowych par hodowlanych. Choroby również stanowią poważne zagrożenie dla ar, szczególnie na obszarach, gdzie gatunek ten dzieli źródła wody z innymi gatunkami ptaków. Analiza żywotności populacji wykazała, że ​​zmiany w śmiertelności dorosłych ptaków miały największy wpływ na szacunki prawdopodobieństwa wyginięcia i tempa wzrostu populacji, na te szacunki wpłynęły również utrata siedlisk i kłusownictwo.

Ara szafirowa jest oceniana jest obecnie jako krytycznie zagrożona na Czerwonej Liście IUCN , równocześnie gatunek ten jest ujęty w Załączniku I przez CITES. Odławianie gatunku jest nielegalne, ponieważ ara szmaragdowa jest chroniona przez ustawodawstwo krajowe Boliwii oraz Konwencję o międzynarodowym handlu dzikimi zwierzętami i roślinami gatunków zagrożonych wyginięciem (CITES) już od 1986 r.

Pozyskiwanie tych papug w celu handlu zwierzętami to główny powód, dla którego ary szmaragdowe są krytycznie zagrożone. Rzadkość tego gatunku spowodowała wzrost ceny sprzedaży, co spowodowało zwiększoną presję związaną z odławianiem. W miarę odłowu coraz większej liczby ptaków ary szafirowe stawały się coraz rzadsze. Taka sytuacja znacznie zmniejszyła liczebność dzikiej populacji, obecnie na wolności żyje od 50 do 250 osobników.

Odkąd w 2000 r. wymarła ara modra (Cyanopsitta spixii), ara szafirowa jest obecnie najrzadszym gatunkiem papug z rodziny ar na świecie. Przy dzikiej populacji liczącej od 50 do 250 osobników konieczne są ekstremalne działania ochronne. Organizacja World Parrot Trust zajmuje się się ochroną ary szmaragdowej . Osoby pracujące dla tej organizacji monitorują gniazda, aby chronić pisklęta przed drapieżnictwem. Pisklęta są również okresowo badane, aby upewnić się, że są zdrowe i otrzymują odpowiedni pokarm od rodziców. Jeśli pisklę nie radzi sobie tak dobrze, jak oczekiwano, dokarmia się go specjalnym pokarmem wzbogaconym o składniki odżywcze. Dzięki działaniom organizacji World Parrot Trust zbudowano nowe budki lęgowe i ulepszono obecne miejsca lęgowe. Zadbano również o wsparcie ze strony okolicznych właścicieli ziemskich.