Żyje w małych grupach (do 20 osobników) pod opieką samca, który szczególnie wytrwale zwalcza rywali. W okresie zimowym schodzą z gór w poszukiwaniu pożywienia. W sytuacjach zagrożenia ostrzegają siebie nawzajem wysokim, głośnym beczeniem, po czym ratują się ucieczką biegnąc z prędkością nawet 55 km na godzinę, często po stromym i kamienistym terenie.

Choć potrafi doskonale pływać, to woda nie jest jego ulubionym żywiołem. Część populacji przystosowała się do życia w skrajnie trudnych warunkach – np. na pustyni Atakama w północnym Chile, gdzie miejscami deszcz nie padał od 50 lat! Może tam przetrwać dzięki tzw. „oazom mgły” (lomos), czyli przemieszczającym się chmurom wilgoci, które zapewniają utrzymywanie się roślinności w tak surowych warunkach i dostarczają gwanako pokarm oraz wodę. Naturalnym jego wrogiem jest puma i lis andyjski. Poza ucieczką gwanako posiada jeszcze jedną broń przeciwko atakowi drapieżników – grubą skórę na szyi, która to część ciała jest najczęściej atakowaną.

Ruja występuje w sierpniu i wrześniu. Po 320-dniowej ciąży rodzi się jedno, dobrze rozwinięte młode, które już po 30 minutach chodzi za matką. Matka nie uwalnia młodego z błon płodowych i nie wylizuje go. Okres karmienia mlekiem trwa do 4 miesięcy, ale młode gwanako pozostaje w sąsiedztwie matki do jednego roku. Gwanako żyje około 20 lat.