Ten lemur jest jedynym naczelnym specjalnie przystosowanym do życia w trzcinach papirusu. W odróżnieniu od innych lemurów ten gatunek potrafi pływać. Porusza się pośród trzcin, zwinnie posługując się kończynami i ogonem. Żyją w monogamicznych grupach rodzinnych. Tylko jedna para może się rozmnażać.

Zdarzają się jednak, że istnieją mniejsze grupy z dwiema samicami rozrodczymi. Stwierdzono, że najczęściej w skład grupy wchodzi para dorosłych i jedno potomstwo. Podobnie jak w przypadku wszystkich lemurów, ale w przeciwieństwie do innych naczelnych, dominują samice. Młode rodzą się co roku, a ciąża trwa około 5 miesięcy. Młode rodzą się z otwartymi oczami i są pokryte futrem. Ma to miejsce od września do lutego. Bliźnięta są dość powszechne.

Populacja lemura alaotrańskiego spada, ponieważ siedliska wokół jeziora są niszczone i przekształcane w pola ryżowe. Inne zagrożenia to spalenie bagien i polowanie na lemury w celu uzyskania pożywienia i dla nielegalnego handlu zwierzętami. Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody oceniła tego lemura jako „krytycznie zagrożony”. W 2007 roku wokół jeziora utworzono nowy obszar chroniony o powierzchni 42 478 hektarów, który powinien zapewnić lemurom pewną ochronę. Durrell Wildlife Conservation Trust prowadzi program ochrony lemurów alaotrańskich. Gatunek jest wymieniony w Załączniku I CITES.

Szansą na przetrwanie gatunku i wzmocnienie jego populacji w środowisku naturalnym jest hodowla zachowawcza w ogrodach zoologicznych. Taką właśnie hodowlę rozpoczęło wrocławskie zoo. Wrocławskie zoo jest również zaangażowane w pomoc lemurom w środowisku naturalnym. Część przychodu z tytułu biletu specjalnego ZOO NA RATUNEK jest przekazywana na ratowanie tych zwierząt w ich ojczyźnie. Dodatkowo Fundacja DODO wspiera działalność Centrum Ratowania Lemurów – Renial, gdzie m.in. poparzone podczas wypalania lasów i traw czy odebrane z przemytu lemury są leczone.